Le rôle des écosystèmes côtiers et du continuum terre-mer dans la propagation de la résistance aux antibiotiques.

L'émergence de la résistance bactérienne aux antibiotiques est actuellement l’une des plus graves menaces pour la santé mondiale. Cette résistance n’a pas de frontière et peut toucher tout le monde. Les gènes résistants aux antibiotiques (GRA) sont considérés comme de nouveaux polluants par l'OMS en raison de leur large distribution et de leur prévalence. Le rôle de l’environnement marin dans la propagation des GRA et des bactéries résistantes étant encore mal compris, mon objectif est de réaliser des échantillonnages durant 1 an et demi sur deux sites contrastés, Verveur et Barnenez dans le Finistère. Ces échantillonnages cibleront les palourdes (bivalves filtreurs et fouisseurs), l'eau de rivière et de mer (vecteurs d’antibiorésistance), ainsi que les sédiments (réservoirs de bactéries et de gènes de résistance). Les analyses comprendront l'identification des GRA par qPCR Fluigdim et génomique long-reads, l'évaluation de la diversité bactérienne par metabarcoding, ainsi que la collecte de données environnementales (température, salinité, matière en suspension, carbone organique dissous, nutriments, chlorophylle a, contamination fécale) et de polluants (antibiotiques, pesticides, métaux toxiques). Le traitement bio-informatique des données permettra d'évaluer la présence et la dynamique des bactéries résistantes aux antibiotiques et des GRA, en tenant compte des facteurs environnementaux et en identifiant leurs sources.