CoME-ON: le microbiome côtier sous l'influence des apports fluviatiles

Les estuaires se situent à l’interface entre les eaux douces et marines. Dans ces écosystèmes, les apports fluviatiles sont en partie responsables de la variabilité spatio-temporelle des communautés microbiennes, impactant par conséquent les interactions écologiques entre ces microorganismes. Peu de travaux se concentrent sur l’impact des apports fluviatiles sur l’ensemble de ces interactions (i.e l’interactome) et leur dynamique. Ma thèse s’intéresse à l’influence des apports fluviatiles sur : 

• La variabilité spatio-temporelle de l’interactome entre protistes et bactéries 
• La phycosphère du dinoflagellé toxique Alexandrium minutum 
• Les relations parasitaires de l’holobionte de l'huître Crassotrea gigas 
• Les patrons biogéographiques de l’interactome du microbiome estuarien européen
• Les relations trophiques entre les protistes (proies) et le mésozooplancton (prédateurs)  

La thèse se concentre donc autour des effets des apports fluviatiles à travers l’analyse de l’interactome, qui est déclinée à différentes échelles de complexité biologique (de l’espèce à la communauté),  à différentes échelles spatiales (locale, régionale, nationale et européenne),  tout en incluant une dimension temporelle. J’utilise pour cela des méthodes de reconstruction de réseaux de co-occurrences à l’aide de données d’ADNenvironnemental et metabarcoding.