L’évaluation de la biodiversité est abordée à travers des approches complémentaires : la diversité structurelle qui s’intéresse au nombre d’espèces, sur la base de critères morphologiques ou génétiques (méta-barcoding et séquençage haute fréquence) et la diversité fonctionnelle qui cherche à regrouper les espèces selon des traits directement liés à la morphologie, la biologie ou l’écologie des espèces. Ces traits se veulent des proxys de fonctions écologiques (telles que les flux de biomasse, le remodelage des sédiments ou la capacité de résistance à une pression). Mais les fonctions écologiques peuvent aussi être mesurées directement, par exemple à travers l’utilisation d’incubations et la mesures de flux (d’azote sous différentes formes ou d’oxygène).

L’utilisation de marqueurs trophiques comme les isotopes stables naturels (C, N et S) est une manière d’approcher la structure et le fonctionnement des communautés benthiques. Une expertise a été développée dans l’équipe pour décrire les relations trophiques inter-spécifiques, quantifier les sources de matière organique des communautés et développer des indicateurs de diversité fonctionnelle basée sur la distribution des compositions isotopiques dans un espace.

Le développement d’observations ou d’expérimentation sur de grands gradients latitudinaux permettent d’aborder des questionnements macro-écologiques importants pour comprendre les facteurs qui expliquent les patrons de diversité observés, de la compositions des assemblages d’espèces aux variations des traits biologiques et morphologiques des espèces modèles.