ETICS - Ecologie Trophique In situ des Communautés de Suspensivores benthiques par metabarcoding
Étudier le partage de la ressource alimentaire par une communauté de suspensivores benthiques grâce à l'ADN
ETICS a pour objectif d’appliquer la technique de metabarcoding pour étudier l’utilisation de la ressource trophique au sein d’une communauté de suspensivores benthiques et plus particulièrement de tester chacune des étapes méthodologiques et de valider une chaîne de traitement depuis les prélèvements jusqu’à l’analyse des données.
Pour cela, nous avons choisi les formations récifales subtidales formées par les huîtres plates, Ostrea edulis, qui constituaient par le passé un habitat emblématique de la rade de Brest. Ces populations, aujourd’hui résiduelles voire cryptiques, font l’objet d’efforts spécifiques pour les conserver et les restaurer. Parmi les espèces de suspensivores associées, on trouve le pétoncle noir (Mimachlamys varia), un ver tubicole (Serpula vermicularis) et un crabe porcelaine (Pisidia longicornis).
La ressource alimentaire est déterminante dans la structure et le fonctionnement des communautés benthiques côtières. Les suspensivores, qui dominent ces communautés, sont très plastiques dans leur alimentation mais le phytoplancton et le phytobenthos remis en suspension représentent une source majeure. Plusieurs méthodes sont utilisées pour étudier les régimes alimentaires.
Elles sont complémentaires et chacune présente des avantages et des limites. Ces dernières années, l’utilisation des méthodes moléculaires (metabarcoding) a connu un essor considérable. En effet, leur capacité à détecter l’ADN de proies dégradées, une résolution taxonomique élevée constituent des avantages indéniables renforcés par l’amélioration continue des techniques de séquençage contribuant à en diminuer le coût. Pourtant, leur application à des suspensivores marins benthiques reste encore limitée et plusieurs étapes techniques restent critiques.
Contact scientifique: Aline Gangnery (Lebco), Flavia Nunes (Lebco)
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